Современное животноводство – отрасль высокотехнологичная, постоянно развивающаяся. Среди самых передовых ее направлений – лабораторный анализ.

Сегодня он представлен следующими направлениями:

• анализ микрофлоры кишечника (в том числе анализ микрофлоры у кур, анализ микрофлоры у коров, анализ микрофлоры у свиней);
• анализ микрофлоры почвы;
• анализ микрофлоры силоса;
• анализ микрофлоры кормов.

Причина столь тщательного анализа различных показателей – в необходимости повышения качества продукции, производительности и улучшения здоровья животных и птиц, исключении такого показателя как «снижение конверсии корма». 

Рационы питания сельскохозяйственных животных и птицы в настоящее время составляются для обеспечения максимально быстрого роста организма, максимальной конверсии кормов в живую массу за минимальное время. Микрофлора желудочно-кишечного тракта сельскохозяйственных животных и птицы влияет на здоровье (особенно -на иммунитет), на продуктивность (конверсию компонентов корма, особенно- растительных полимеров), и, соответственно – на срок продуктивного использования.

В настоящее время потребность в поддержке пищеварительной системы сельскохозяйственных животных и птицы решается с помощью кормовых добавок, повышающих эффективность усвоения корма и нормализующих и улучшающих микрофлору кишечника. К кормовым добавкам, непосредственно регулирующим микрофлору кишечника кур, в настоящее время относят следующие группы препаратов: кормовые ферменты, кормовые антибиотики, подкислители, пробиотики, фитобиотики, пребиотики, некоторые ароматизаторы. Они имеют различную биологическую природу и различные механизмы действия.

Огромный выбор кормовых добавок отечественного и зарубежного производства, влияющих на микрофлору кишечника, ставит перед специалистом животноводческого хозяйства проблему рационального выбора наиболее эффективных кормовых добавок для конкретных вариантов кормления. Проблему можно решить только с помощью максимально точных и быстрых методов анализа микрофлоры кишечника.

Современные методы оценки микрофлоры, используемые в контролирирующих организациях (ветлаборатории и т.п.) основаны на применении классических методов микробиологии

(селективные питательные среды), которые могут выявить не более 5-10% видов микроорганизмов, или на применении методов ПЦР для выявления конкретных микробов-возбудителей заболеваний. Недостатком существующих методов является отсутствие возможности выявить полный профиль микробного сообщества кишечника: определить 100% видов микроорганизмов, и, соответственно, выявить полную структуру микробного сообщества, что является необходимым критерием для максимально точной оценки действия кормовых добавок.

Появление и развитие современных молекулярно-генетических  методов таких как  T-RFLP-анализ,  NGS секвенирование и RT-PCR сделало возможным изучение разнообразия микроорганизмов без ограничений, сопутствующих традиционным методам микробиологии - т.е. минуя стадию культивирования.
T-RFLP-анализ и NGS секвенирование наиболее перспективные молекулярно-генетические методы предназначенные для определения количества, относительной численности и таксономической принадлежности всех бактерий микробной экосистемы. Это дает возможность широкого и глубокого сравнительного изучения микробиологических сообществ в их развитии и изменении.
В связи с этим сотрудниками лаборатории молекулярно-генетических исследований научно-производственной компании "БИОТРОФ" впервые в России были модифицированны методики молекулярно-генетического анализа для изучения  микрофлоры ЖКТ сельскохозяйственных животных и птицы.
С 2008 года в молекулярно-генетической лаборатории компании "БИОТРОФ" было изучено более 3000 образцоов рубцового  содержимого КРС, около 15 000 образцов слепых отростков и др. отделов ЖКТ сельскохозяйственной птицы. На основе полученных данных, которые в дальнейшем были систематизированны и прошли математическую обработку, в первые в мире были разработаны и опубликованы методические рекомендации:  "НОРМЫ СОДЕРЖАНИЯ МИКРОФЛОРЫ В РУБЦЕ КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА" и "НОРМЫ СОДЕРЖАНИЯ МИКРОФЛОРЫ В ЖЕЛУДОЧНО-КИШЕЧНОМ ТРАКТЕ ЦЫПЛЯТ-БРОЙЛЕРОВ".

В компании «Биотроф» разработаны основы метода оценки эффективности кормовых добавок включающие применение комплекса методик на основе молекулярно-генетических подходов, позволяющие максимально полно и точно определить состав микрофлоры кишечника за короткий срок.